ピロリ菌は、正式には「ヘリコバクター・ピロリ」といいます。「ヘリコバクター」とは、らせん状の細菌という意味です。鞭毛（べんもう）を高速で回して移動することからつけられています。「ピロリ」は、最初に菌が見つかった場所である胃の幽門を意味する、ラテン語の「ピロルス」からきています。
ピロリ菌は、酸素にさらされると死滅していき、乾燥にも強くない細菌である一方、強酸性下にある胃の中で生育できるという大きな特徴を持っています。ピロリ菌は胃の中にある尿素をアンモニアと二酸化炭素に分解し、アルカリ性のアンモニアで酸を中和しているため、強酸性下でも生育が可能です。
ピロリ菌の感染は、口から入ることで起こります。主に飲み水や食べ物からですが、成人になるとほとんど感染しないため、多くは乳幼児期に感染するとみられています。衛生状態が悪い国では感染率が高く、先進国では低い傾向があります。しかし、日本は先進国としては例外的に感染率が高くなっています。ただし、過去に行われた調査では、日本人の感染率を年代別にすると40代以上が高く、10～20代では低くなっており、衛生環境の改善による結果が出てきています。よって、今後も感染率は低くなっていくとみられています。とはいえ、現在でもまだ2人に1人が感染している状態で、若い世代でも感染がなくなっているとはいえないので要注意です。
ピロリ菌は、口から入れば感染することはわかっていますが、実はそれ以外の感染経路や感染の予防方法についてはよくわかっていません。また、ピロリ菌の多くは免疫力の弱い乳幼児期に感染するといわれており、この結果はそれぞれの世代の乳幼児期における上下水道の普及率の違いが感染率の差となって現れたものと考えられています。つまり、幼児期における衛生環境が感染率に影響を与えているということです。実際のところ、昨今の日本人は衛生環境が十分に整った中で暮らしていることから、ピロリ菌感染率が大きく低下してきております。

ピロリ菌の除菌治療では、2種類の抗生物質と、胃酸の分泌を抑えるプロトンポンプ阻害薬を1日2回、7日間続けて服用します。ピロリ菌の除菌を行うのは抗生物質ですが、プロトンポンプ阻害薬で胃酸の分泌を抑えることで、より効果的な除菌が可能になります。日本における除菌治療の成功率は70～90％と報告されており、除菌できなかった場合には、違う抗生物質を使用して再度除菌治療することも可能です。再度、除菌治療を受けることで、除菌成功率は90%以上になると報告されています。
服用が終了したら、約1カ月後以降に除菌療法の効果を判定します。ただし、1カ月程度では菌がいても、いないと判定される偽陰性になる可能性があるため、もう少し長く期間を置いてから判定することが多くなっています。
薬に対するアレルギー反応として、皮膚の発疹やかゆみ、腹痛を伴った下痢、血便、発熱などが起こる可能性があります。こうした症状が現れた場合、服用を中止して医師にご相談ください。
発生が報告されている主な副作用には、軟便や下痢、食べ物の味がおかしくなる味覚異常、肝機能の検査値（AST／GOT、ALT／GPT）変動などがありますが、ほとんどのケースは服用終了後に自然と治まっていきます。症状がひどい場合は医師にご連絡ください。
また、除菌治療終了後に胸やけなど逆流性食道炎の症状が起こるケースがありますが、除菌治療で服用する薬に胃酸の分泌を抑えるものがあるため、低下していた胃酸の分泌が服用をやめたことで正常に戻ってしまうことが原因とされています。